在明朝面临严峻的政治社会危机的同期，东北方的满族势力逐渐崛起，与明朝争斗不休。天启年间，陕北地区又爆发了大规模的农民起义并愈演愈烈，形成了以李自成、张献宗为首的两支较大的势力。最终，在内忧外患的情况下，年，李自成率义军攻破北京，崇祯皇帝自缢，明朝灭亡。一部分明朝残余势力在南方相继建立了数个南明政权，但最终都相继灭亡。
努尔哈赤后金的崛起。万历十一年（），明朝建州卫首领努尔哈赤，以复祖父仇的名义攻打尼堪外兰，开始了统一女真的征程。在统一建州女真后，努尔哈赤又先后征服了海西女真、东海女真的许多部落，以及赫哲、鄂伦春等族居住的广大地区，并于万历四十四年（）在赫图阿拉（今辽宁省新宾县老城）称汗登基，建国号“金”，史称“后金”，建元“天命”。
随着自身实力的增强，努尔哈赤的政治野心也日渐膨胀。后金天命三年（）四月，努尔哈赤利用女真民族与明朝政权之间的矛盾，以“七大恨”告天，攻打并烧毁了抚顺城，开始了同明朝争夺东北的战争。次年三月，努尔哈赤率后金军队于萨尔浒击败进攻赫图阿拉的明朝与朝鲜、叶赫的四路联军，取得了“萨尔浒大捷”。自此，双方的军事形势出现逆转，后金由战略防御转为进攻。随后，努尔哈赤又挥师剪除叶赫部，实现了对女真全部的统一。
天命六年（）三月，努尔哈赤借明朝统治集团内部利用辽东战局争权夺利、自毁长城之机，发动了辽、沈之战，连克沈阳、辽阳等地，并迁都辽阳。次年，又攻克广宁（今辽宁省北宁市）、义州（今辽宁省义县）等四十余座城堡。至此，明朝在关外的战局已无法收拾。天命十年（）三月，努尔哈赤出于战略考虑，正式迁都沈阳。
皇太极登基称帝天命十一年（）八月，努尔哈赤病逝，其子皇太极继承汗位，改元“天聪”。皇太极即位后，一方面由于征服地域的扩展及社会内部矛盾的激化，亟待进行休整；另一方面也鉴于后金在整体实力上尚不具备入关夺取全国政权的能力，而且身后还有蒙古、朝鲜两股力量的制掣，后顾之忧尚未解决。因此，他一改努尔哈赤强攻硬战的方针，把“讲和与自固”确定为后金与明朝斗争的基本策略与方针，使后金与明朝之间的战争冲突暂时得以缓冲。在对内部“休养自固”的同时，皇太极又利用征战与联姻、结盟相结合的手段，先后绥服了蒙古各部。
天聪十年（）四月，皇太极于沈阳正式登基称帝，改元“崇德”，改国号为“清”。当年十二月，即发兵征服朝鲜，将朝鲜由明朝之藩属国变为了自己的藩属国。至此，清政权的后顾之忧得以解除，社会矛盾也因一系列“休养自固”举措的实施而缓和，整体实力也有了明显增长，与明朝的军事战争也随之展开。
崇德三年（）八月，皇太极命多尔衮与岳托分兵两路征明，入关骚扰长达半年之久。崇德五年（）之后，清政权又与明朝政府展开了对辽西地区的争夺，清军围困锦州达两年之久，并于崇德七年（）二月于松山击溃明朝援军，俘获明军统帅洪承畴。三月，坚守锦州的明军守将祖大寿无奈降清。清军又乘势攻克塔山、杏山等地，取得“松锦会战”的胜利，东北地区已基本为清军所控制。就在清政权即将展开对全国政权争夺之际，皇太极于崇德八年（）八月病逝，他年幼的儿子福临被拥立为帝，改元“顺治”，由他的叔父多尔衮代行摄政之责。
后金的社会制度。女真族的“部落”是由若干以血缘为纽带的“氏族”所组成的。在氏族社会末期的狩猎生产与军事活动中，出现了“牛录”这一新型的组织形式。随着女真社会农业生产的发展与社会分化的扩大，氏族制度渐趋解体，但“牛录”作为一种军事组织形式却被保留下来。
八旗制度随着建州女真的崛起，努尔哈赤在整顿社会组织的过程中，以“牛录”作为一种基层社会组织单位创建了“八旗制度”。八旗兵丁“出则备战，入则务农”，八旗制度也就成为一种“以旗统人，即以旗统兵”的兵民一体、军政合一的社会组织制度。八旗旗主既是各部之军事统帅，又是政治首领，皆由努尔哈赤的子、侄担任，称为“固山贝勒”。努尔哈赤既是八旗的家长，又是其最高统帅。并于此基础上形成了具有军事民主联合体性质的“八旗共治”的政治体制。“八旗制度”将相对分散的女真各部有效地组织起来，为后金的建国及军事斗争的胜利奠定了基础。“八旗共治”体制在一定历史时期内，对后金政局的稳定也起到了不可忽视的积极作用。
皇太极即位后，深感“八旗共治”体制对汗权的制掣，开始着手对八旗的整顿与政权的封建化建设。称汗伊始，他便通过设立总管旗务等大臣的方式，削弱八旗贝勒的旗权。天聪五年（）八月，皇太极仿照明朝的政治体制，设立了吏、户、礼、兵、刑、工六部，分掌国家行政事务，将国家行政权牢牢地控制在了自己的手中。天聪十年（），他又设立“内三院”，职掌记注诏令、文移往来、讲解经史等职，并参与国家政策的制定。崇德年间，皇太极又先后设立了主管监察工作的“都察院”及处理对外事务的“理藩院”，与“六部”、“内三院”合称为“三院八衙门”。这种对国家机构的调整，极大削弱了八旗旗权，使汗权得以进一步强化。国家权力开始逐渐向以“汗”为首的“三院八衙门”倾斜，这也是后金政治体制发展的必然趋势。
建立于八旗制度基础上的女真社会，主要由奴隶主、平民、奴仆三大阶层组成。贵族、勋臣及额真等八旗将领构成了女真社会中的奴隶主阶层，他们拥有大片的田庄、众多的奴隶与牲畜，在社会中占据了支配地位。普通八旗兵卒、旧氏族中的一般成员，及一部分归降部落的民众等自由民，组成了女真社会中被称为“诸申”或“伊尔根”的平民阶层。他们是贵族的“管下人”，拥有少量的土地、牲畜或奴仆等私有财产，对贵族有着很强的人身依附关系，并承担为贝勒、额真等当兵纳税等多种差役。处于社会最底层的便是毫无人身自由，被称为“包衣阿哈”或“阿哈”的奴仆阶层。他们主要来源于犯罪或欠债的平民、家生奴隶及战俘等。除却一部分于主人家中从事内务劳动外，他们中的大多数都在贵族的“拖克索”（汉意为“农庄”）中从事耕作活动。
皇太极对八旗的整顿进入辽、沈地区后，努尔哈赤出于加强控制的目的，通过“编丁立庄”的形式将辽南地区的广大汉族农民“全部编入汗、贝勒的庄中”。虽然在身份上，这些被编入“拖克索”的汉族农户仍属于“奴仆”之列，但他们毕竟多少拥有一定相对独立的经济生活资料与生产余额，境遇较“奴仆”有着较大的改善。但即便如此，与汉族地区先进的封建生产关系相比，它还是显得相对落后，因而也激起了汉族民众的广泛反抗。
皇太极即位后，顺应历史发展的趋势，大力促进后金经济制度的封建化进程。天聪初年，他便下令禁止再立庄田，将各处剩余土地收归国家，分给民户耕种并向国家缴纳赋税。汉民与女真族“分屯别居”，编入国家民户之中。天聪五年（），皇太极又颁行《离主条例》，为奴仆转化为国家民户提供了可能，也极大推动了女真社会由奴隶制经济向封建经济的转化。
明末社会危机的深化，加剧了社会的动荡。民间秘密结社活动再度活跃，各地农民纷纷利用白莲教等宗教组织进行反抗活动。天启二年（），山东郓城即爆发了徐鸿儒领导的农民起义。南方各省佃农抗租与奴仆索契的斗争也日益激烈。这些人民反抗斗争，成为明末农民大起义的前奏。
明末农民起义的烈火首先在陕北点燃。这里地瘠民贫、赋役苛重，又兼连年旱灾，饥荒严重，而国家的赋役征发却有增无减，再加上官僚腐败的盛行，最终导致民不聊生。天启七年（）二月，白水县农民王二率领澄城（今陕西省澄城县）饥民群起抗粮，杀死知县，揭开了明末农民大起义的序幕。之后，各地饥民群起响应，很快形成了如火如荼之势。其中势力较大的有王嘉胤、高迎祥、王左挂、王大梁等领导的几支义军。
李自成被拥戴为“闯王”起义爆发后，引起了明朝统治者的极大恐慌，先后派遣杨鹤、洪承畴等调军围剿。农民军采取流动作战的方针，屡次突破重围进入中原腹地。崇祯八年（）正月，农民军势如破竹，攻克明朝“龙兴”之地———凤阳，放火烧毁了朱元璋父母的陵寝。之后各部义军又经河南打回陕西。但在周至（今陕西周至）遭到陕西巡抚孙传庭的伏击，农民军受挫，高迎祥被俘牺牲。李自成被拥戴为“闯王”，继续战斗。
李自成（—），本名鸿基，陕西米脂人。出身于农民家庭，曾为银川驿卒。崇祯二年（）参加起义，成为高迎祥手下的一员大将，以勇猛有识略而号称“闯将”。崇祯十年（），杨嗣昌被任命为兵部尚书，采取镇压与招抚相结合的策略，从四面八方对农民军进行围剿。损伤惨重的李自成不得不隐伏于陕西东南的商、雒群山之中。与此同时，另一支义军首领张献忠也接受明廷招安，农民军的斗争形势随之转入低潮。崇祯十二年（）五月，张献忠在谷城历经一段时间的休养后，再度举义，并突破明军包围进入湖北，使起义形势开始由低谷走向高潮。李自成闻讯后，也很快冲出商、雒山，突入河南，招集流民，接纳了宋献策、牛金星、李岩等一批失意知识分子并吸收其建议，提出了“均田免粮”的口号，受到了农民群众的热烈拥护，义军队伍愈加壮大。
崇祯十四年（）正月，李自成率军攻破河南重镇洛阳，不久就占领了河南全省。崇祯十六年（）又挥军进入湖广，攻克襄阳。三月，李自成改襄阳为襄京，称新顺王，建立政权。十月，李自成率军攻破潼关，进占西安，改西安为长安，称西京。次年正月初一，宣布建国号为“大顺”，年号“永昌”，更定官制，并进一步完善政权组织，正式开科取士。与此同时，张献忠也于崇祯十六年（）五月，率军攻下武昌，封官建制，称大西王。不久，又攻占长沙，席卷湘赣。次年正月，出于战略考虑，张献忠放弃长沙，进军四川，很快攻克成都。十一月，张献忠在成都称帝，建国号为“大西”，年号“大顺”，以成都为“西京”，建立了军政机构。
崇祯自缢身亡崇祯十七年（）二月，李自成率百万大军北伐。在攻占太原后，分兵两路，直捣北京。三月十九日，农民军攻克北京，崇祯皇帝在绝望中于万寿山（今北京景山，又称煤山）自缢身亡。至此，统治中国达年之久的明王朝被淹没于农民起义的滚滚洪潮之中，只剩一部分残余势力在江南等地苟延残喘。
清军入关的起因。大顺军攻入北京后，军事形势仍然十分复杂。福王朱由崧在一批明朝遗老与残余军事势力的拥立下于南京称帝，建年号“弘光”，仍控制着江南半壁江山；在山海关附近，明朝宁远总兵吴三桂还手握重兵，威胁着北京的安全；而雄踞辽东的满清政权对中原地区早就虎视眈眈，对身处要冲之地的吴三桂更频频进行拉拢、劝降，以期打开通往关内的通道。
吴三桂降清后引清兵入关但起义军将领却被暂时的胜利冲昏了头脑，整日忙于对明朝归降官吏的拷掠追赃，将明朝的大批降官又推回到了自己的对立面，造成了自身的孤立。因而，当身处要冲之地的吴三桂在由“归李”转向“降清”后，也就不可避免地导致了大顺政权迅速败亡的厄运。吴三桂降清的消息传到北京后，李自成立刻率军6万东征吴三桂，双方于山海关外的一片石展开激战。由于多尔衮所率清军的及时赶到并突然参战，大顺军大败，仓皇撤退。
年4月29日，李自成在武英殿草草举行了即帝位典礼后，便慌忙撤离了北京。由于受“横行天下为快”的流寇主义思想的影响，农民军不重视根据地的建设与巩固，因而在清军的紧紧追击下，全无根据地可守，一溃千里，从山西、陕西、河南节节败退至湖北。年5月初，李自成率部行至湖北通山县九宫山时，突遭当地地主武装的袭击，李自成被害身亡，大顺政权覆灭。之后，清朝统治者在对盘踞四川的张献忠诱降未果后，挥军入川，年12月，张献忠于四川北部西充县的凤凰山下遭清兵袭击，中箭身亡，大西政权亦随之消亡。
南明政权的抵抗。清顺治元年（）十月初一日，在清军进入北京半年后，清世祖福临正式迁都北京，开始了对全国政权的争夺。清顺治二年（）春，清将多铎率领清军南下攻取淮安和泗州，包围扬州，弘光政权危在旦夕。但其内部却仍然争权夺利不止，只有被排挤至扬州的内阁大学士史可法坚决抗战，却孤掌难鸣。四月十九日，清军攻打扬州，史可法率全城军民誓死抵抗，终因寡不敌众又缺少援军而失败。扬州城陷落，史可法被俘后英勇就义。清军则大肆报复，血洗扬州，前后十来日所杀害军民约80万人，史称“扬州十日”。五月十六日，清军占领南京，南明弘光政权瓦解。
南明残余势力又相继于绍兴、福州拥立鲁王朱以海、唐王朱聿键建立了鲁王政权和唐王政权。但由于两者在“正统”问题上争论不休，不能联手抗清，势单力薄。在清军的强大攻势下，不到一年便先后瓦解。不久，残明广西巡抚瞿式耜、湖广总督何腾蛟又于广东肇庆拥立桂王朱由榔称帝，年号“永历”，建立了南明桂王政权，继续抗清。桂王政权曾先后和大顺与大西政权余部，合作抗清。但由于内部不和，权力争斗严重，势力渐微。到康熙元年（），吴三桂俘获桂王，绞杀于昆明，桂王政权颠覆。
清军强令汉族民众剃发清军入关后，向全国发布了薙发令，采取高压政策强令汉族民众剃发，激起了广大汉族人民的反抗。江阴爆发了由陈遇明、阎应元领导的反薙发斗争，但最终被清军攻破城垣，并遭到了清军的血腥屠杀。嘉定人民也在侯峒曾、黄淳耀的领导下坚决反对薙发，终因孤立无援而失败。清军先后三次大肆报复与血腥屠杀，史称“嘉定三屠”。同时，为保护满洲贵族的利益，又圈占汉人田地为“旗地”，建立田庄，强迫汉人投充为庄丁。并制定“逃人法”，对逃亡庄丁严加惩罚。这一系列民族高压政策，导致了清初国内民族矛盾的日益激化。
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